Извлечение одного генома из массы генетического материала
Ученым из Вашингтонского Университета (США) удалось определить 14 видов бактерий, присутствующих в одной капле морской воды. В двух случаях исследователи даже смогли собрать полный геном, включая геном бактерии из группы Euryarchaeota, несмотря на то, что в использованном образце ее ДНК присутствовало меньше всего (7,5%). Ранее было известно, что Euryarchaeota широко распространены среди морских микроорганизмов, но ни один вид этих бактерий не удавалось вырастить в культуре, и тем более секвенировать полный геном.
Данные результаты были получены благодаря специальной компьютерной программе, разработанной Вогном Иверсоном, Ph.D. студентом, работающим в лаборатории Вирджинии Армбраст в Вашингтонском Университете. Данная программа позволяет собрать все обнаруженные отрывки генома в один огромный метагеном. Затем этот геном разбивается на отдельные фрагменты, которые далее распределяются по организмам. В отличие от предыдущих программ, разработанный алгоритм позволяет успешно определить какой фрагмент генома принадлежит определенному микроорганизму.
Предполагается, что данный метод анализа может быть использован для изучения особенностей метаболизма, а также экологических аспектов микроорганизмов Мирового Океана. До сих пор плохо исследован состав бактериальных сообществ и взаимоотношения между бактериями в естественной среде.
Подготовила Ибрашева Дильбар по материалам статьи: One genome from many
Читайте также:
04.09.2023
09.08.2023
10.07.2023